Τη σφραγίδα της Αόρατης Αρχής την κατασκεύασαν τα μέλη της ηγετικής ομάδας.

Στην περιφέρεια της σφραγίδας βρίσκονται με κεφαλαία γράμματα τα αρχικά των βαπτιστικών ονομάτων των 9 μελών που ηγούντο της Φιλικής Εταιρείας:
1. Ιωάννης Καποδίστριας,
2. Άνθιμος Γαζής,
3. Αθανάσιος Τσακάλωφ,
4. Παναγιώτης Σέκερης,
5. Νικόλαος Σκουφάς,
6. Εμμανουήλ Ξάνθος,
7. Παναγιώτης Αναγνωστόπουλος,
8. Αντώνιος Κομιζόπουλος,
9. Αθανάσιος Σέκερης.

Στο κέντρο της σφραγίδας διακρίνονται το κεφαλαίο Ε, ο Σταυρός και οι αριθμοί 1 και 6. Το κεφαλαίο Ε παραπέμπει στην Ελλάδα. Ο Σταυρός στην Ορθοδοξία. Οι αριθμοί 1 και 6 συμβολίζουν την Αρχή (1) της Εχεμύθειας – Μυστικότητας (6), η οποία αποτελούσε τον συνεκτικό άξονα της Εταιρείας. Η παράβαση της Αρχής της Μυστικότητας τιμωρείτο με θάνατο.

Γράφει ο Ελευθέριος Α. Λούχοβιτς, Φιλόλογος